Según está leyenda, alrededor del año 1603, una tremenda sequía azotó la zona que hoy día corresponde al lago y sus alrededores. Los pobladores contaban con un único manantial de agua para abastecerse.

     Un día, llegó al manantial (que por su gran valor dadas las circunstancias, estaba custodiado por varios centinelas) una madre con su hija a pedir un poco de agua para la niña. Ante la negativa de los guardias, la criatura pereció y la madre maldijo el lugar.

      Inmediatamente a la maldición, un torrente de agua comenzó a fluir arrasando con toda la población. Los pueblos de la ribera, desesperados, pidieron entonces la intervención de Dios por medio del franciscano Luis de Bolaños, quien conjuró la catástrofe, parando las aguas y formándose de ésta manera el lago que mas tarde llevaría el nombre de "Ypacaraí".

      Se cuenta asimismo, que en el nuevo lago, se encontró flotando un nicho de cuero con la imagen de la Virgen María, que sería la imagen tallada por el indio José, la que posteriormente se llevó a Caacupé y que hasta hoy es venerada por todos los paraguayos.

      La imagen de la Virgen Aparecida, en la cima de la escalinata, fue realizada en memoria de los supuestos hechos a los que esta leyenda se refiere.

      El nombre de Ypacaraí, que más tarde adoptara el lago y tomando en cuenta esta leyenda, podría significar: "agua completamente conjurada, bendecida: "Ipá-karaí", o bien "basta de agua señor: Y-pa-karaí"

Otras leyendas y Mitos de la Ciudad de San Bernardino son:

• “El Dorado” de los guaraníes ¿Bajo las aguas del Ypacaraí?

• Sirenas