El emblema del municipio lo constituye una bandera blanca con el escudo en el centro y fue aprobado por Ordenanza Nº 57 del 18 de julio de 1979.
El diseño fue realizado por el dibujante paraguayo Porfirio Bustos
El emblema está dividido en cuatro partes o cuarteles: los cuarteles 1 y 3 están situados en la parte de arriba, y los cuarteles 2 y 4 en la de abajo.
Significado de los cuarteles:
Cuartel 1: Aparecen dibujadas dos banderas: la de Paraguay y la de Alemania. Estas banderas simbolizan el origen del pueblo, con características y definiciones propias; la unión de dos razas: la paraguaya y la alemana y su posterior multiplicación.
Cuartel 2: Están dibujadas dos manos que se estrechan sobre un fondo o cielo azul. Esto significa la unión de sus hijos bajo el cielo azul que los cobija.
Cuartel 3: Está dibujado un paisaje turístico, un velero en el lago y un paisaje serrano al fondo, con una puesta de sol. El paisaje representa la excelencia que ofrece para el turismo, que constituye su principal atracción.
Cuartel 4: Aparece la imagen de la Virgen Nuestra Señora de la Asunción, Patrona de la ciudad de San Bernardino y depositaria de la fe de sus habitantes.
Debajo del escudo aparece la leyenda "Ciudad de San Bernardino".
Escudo de la Ciudad:

Logotipo Utilizado para Promocionar la Ciudad a Nivel Turistico desde el 2011.

Fuente:Municipalidad de San Bernardino
Organizan CIRD y La Municipalidad